ศูนย์บริการปฏิบัติการทางเภสัชศาสตร์ เดิมได้จัดตั้งเป็น “หน่วยเครื่องมือกลาง” ประจำคณะเภสัชศาสตร์ ตั้งแต่วันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2534 โดยมติที่ประชุมคณะกรรมการประจำคณะเภสัชศาสตร์ ครั้งที่ 9/2534 เพื่อเป็นหน่วยงานเฉพาะในคณะเภสัชศาสตร์ โดยอยู่ภายใต้การดูแลของฝ่ายวิจัยและบริการ เพื่อตอบสนองความต้องการของหน่วยงานต่าง ๆ ในคณะ ทำหน้าที่จัดหา รวบรวม ดูแลรักษา ให้บริการในการใช้เครื่องมือวิทยาศาสตร์ร่วมกัน เพื่อให้เกิดประสิทธิผลในด้านการเรียนการสอนและการวิจัยของคณะเภสัชศาสตร์และมหาวิทยาลัยสงขลา- นครินทร์ ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 “หน่วยเครื่องมือกลาง” ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ศูนย์บริการปฏิบัติการทางเภสัชศาสตร์” โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้บริการวิชาการด้านปฏิบัติการทางเภสัชศาสตร์ แก่หน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภาครัฐและเอกชน เพิ่มประสิทธิภาพการเรียนการสอน การทำวิจัย และการพัฒนาเชิงวิชาการ เพื่อรองรับการพัฒนาความรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการแก้ปัญหาและพัฒนาระดับท้องถิ่นและประเทศ